De los nueve corredores de mercancías iniciales, dos pasan por España, y son precisamente los que menos definidos están. El número 4 recoge en buena parte el trazado del eje 16 de la RTE-T: Sines/Algeciras-Madrid-París, sólo que en este caso se señala su paso por Irún y no por la travesía central de los Pirineos. Una nota a pie de página aclara que este corredor "debe ser completado en el futuro por el proyecto 16" de la RTE, "que cruza los Pirineos centrales a través de un túnel bajo".
El otro corredor es el 6, que parte de España y pasa por Francia, Italia, Eslovenia y Hungría. El trazado español está claramente indefinido, ya que se menciona Almería como punto de partida, lo cual podría interpretarse como un aval al corredor mediterráneo, y a partir de aquí puede ir a Madrid o Valencia, a Zaragoza o Barcelona y de allí a Marsella, Lyon, Turín, Milán... hasta Budapest. En ambos casos se menciona que los corredores deben estar en marcha para el 10 de noviembre de 2013.
El presente Reglamento no se aplicará en la República de Chipre y en Malta mientras no dispongan de un sistema ferroviario en su territorio.
