Fuentes del Ministerio de Economía y Hacienda han explicado que, una vez recibido el dictamen, el Ejecutivo tiene dos meses para resolver el asunto y está dispuesto a negociar con la UE aunque sin descartar ir al Tribunal de Justicia de Luxemburgo para defender la capacidad normativa. La posibilidad de aplicar este impuesto se abrió con el acuerdo del Consejo de Política Fiscal y Financiera (CPFF) de noviembre de 2001, que contó con los votos a favor del Gobierno -entonces del PP-, Cataluña, CiU y las comunidades con ejecutivos del PP y la oposición de las autonomías socialistas, que posteriormente variaron su posición. La primera de las comunidades que incorporó este impuesto fue Madrid (2002), lo que ocasionó la primera carta de emplazamiento de Bruselas al Ejecutivo central, en el año 2003. A continuación se sumaron Galicia, Asturias, Cataluña y, finalmente, la Comunidad Valenciana aunque en Comisión Mixta hasta trece comunidades asumieron la nueva competencia. Sólo el País Vasco y Navarra, con un régimen propio, y Extremadura y La Rioja, por decisión de sus gobiernos, no se acogieron a esta competencia.
Tras conocerse el dictámen de la Comisión Europea, fuentes de la Generalitat de Cataluña han asegurado que lo analizarán con detenimiento y han informado de que este gravamen aportaría previsiblemente este año a las arcas autonómicas 171 millones de euros. El vicepresidente y portavoz del Gobierno de Castilla-La Mancha, Fernando Lamata, ha opinado que la posible modificación del céntimo no perjudicara la región, ya que entiende que "el Ejecutivo central articulará una alternativa para compensar la pérdida de ingresos, que ha calculado en unos 50 millones de euros anuales".
Por su parte, el presidente de Asturias, Vicente Álvarez Areces, ha asegurado que mantendrá el céntimo sanitario hasta que no se arbitren otras alternativas, ya que por este concepto se han recaudado en el 2007 hasta 37 millones de euros, y se prevé lo mismo para este año. El conselleiro de Economía de Galicia, José Ramón Fernández Antonio, ha brindado todo el apoyo de la Xunta a la Administración del Estado en sus alegaciones ante la UE. Galicia recibe por este impuesto unos 95 millones de euros anuales. Fuentes de la Comunidad de Madrid han recordado que corresponde al Gobierno central la decisión de suprimir el céntimo sanitario al tratarse de un impuesto estatal y han asegurado que, de momento, no se ha producido conversación alguna con el Ministerio para abordar este asunto.
