Entre las entidades privadas se encuentran las de TTIA y Alpetrol, en el muelle de Isla Verde Exterior y CLH en el de Isla Verde (Algeciras), Cernaval (Campamento, San Roque), Green Fuel (Los Barrios) o Alcaidesa (La Línea).
La naviera coreana Hanjin Shipping, a través de su filial Total Terminal International Algeciras (TTIA), invierte 163 millones de euros en una primera fase de la terminal de contenedores en Isla Verde Exterior. También en Isla Verde Exterior, Alpetrol está invirtiendo 118 millones de euros en construir una terminal de graneles líquidos. Los trabajos de construcción comenzaron a finales de 2009. Por último, CLH ya ha iniciado la modificación y ampliación de sus instalaciones de graneles líquidos en el muelle de Isla Verde, inversión que superará los 24 millones de euros.
Green Fuel ha anunciado que el próximo mes de abril tiene previsto iniciar la construcción de una planta de biodiésel en la que invertirá 30 millones de euros, en los terrenos portuarios de Los Barrios.
En cuanto a la inversión pública, la institución portuaria ejecutará en 2009 la mayor inversión de su historia, con 153 millones de euros (de los que 40 proceden de la Unión Europea a través de los Fondos Feder y que en su mayoría tendrán como destino el dique de abrigo exento de Isla Verde Exterior). Las obras de ampliación de Isla Verde Exterior, los trabajos para dotar de servicios la ampliación (accesos viario, ferroviario, etc.) o el nuevo Puesto de Inspección Fronteriza, son algunos de los proyectos que absorberán esa inversión de la APBA.