Para ello se creará una serie de nuevas instalaciones ferroviarias comunes que pueden ser gestionadas tanto por Adif como por la Red Logística de Andalucía, sociedad pública adscrita a la Consejería a través de la Agencia Pública de Puertos de Andalucía (APPA).
El acuerdo conlleva la ejecución en estas áreas, que suman 184.500 metros cuadrados propiedad de Adif y 132.067 metros cuadrados correspondiente a la Zona Intermodal de la ZAL, de una variante ferroviaria al paso por el Centro Logístico de San Roque, así como tres vías de instalación técnica con una longitud de más de 750 metros para expedición y recepción de trenes junto a las nuevas vías generales y como reposición de las actuales. Este diseño permite la ampliación del haz de vías ante necesidades futuras de expansión del área logística conjunta o del Puerto de Algeciras.
Esta actuación se concretará en la encomienda a Adif por parte del Ministerio de Fomento del proyecto constructivo de renovación del trayecto Almoraima-Algeciras, de la línea ferroviaria convencional Bobadilla-Algeciras. Por otra parte, el Centro Logístico de Adif en San Roque mantiene la operatividad actual, siendo soporte intermodal de la ZAL hasta que no se realice el nuevo escenario de integración, pudiendo participar la Red Logística de Andalucía con Adif en la gestión de esta instalación.