En las carreteras SCUT no existía antes cobro de peaje alguno (era el gobierno quien pagaba) pero desde hace tiempo se cobra al usuario. El municipio de Aveiro había planteado una queja ante la Comisión Europea alegando que la introducción de esos peajes violaba el principio de libre circulación y el de no discriminación en base a la nacionalidad.
El comisario europeo de Transportes, Siim Kallas, ha salido al paso de las noticias recogidas en Portugal. El comisario ha negado que la Comisión quiera cambiar las antiguas carreteras SCUT por carreteras libres de peajes. Kallas ha explicado que la Comisión quiere que la introducción del cobro de peajes en carreteras SCUT respete el derecho comunitario y especialmente el principio de no discriminación.