Según reza el acuerdo suscrito por ambas naciones, las autopista del mar serán explotadas por las empresas a las que se les adjudique el proyecto, quienes recibirán una subvención conjunta y podrán optar a su vez a otras ayudas europeas. Además de la tarea de elaborar los pliegos del concurso del que saldrá la selección de candidaturas para el establecimiento de las autopistas, la comisión, de composición paritaria -seis miembros por cada una de las partes- recogerán las ofertas de las navieras interesadas en el proyecto. Los miembros de la comisión procederán de las áreas de la gestión de puertos, la administración y transportes marítimos, la contaminación marítima, asuntos exteriores y economía.
Las autopistas del mar constituyen una oferta de transporte intermodal puerta a puerta, que permite una transferencia modal significativa mediante la concentración de flujos de mercancías en itinerarios marítimos, sin distorsión de competencia contraria al interés general, fomentando las conexiones existentes o creando nuevas conexiones que lleguen a ser viables y que tengan una buena relación calidad-coste.
