Los responsables de la EMT madrileña han explicado que esta modificación de la nomenclatura "trata de evitar confusiones entre los usuarios, ya que la cabecera de esta ruta se sitúa, realmente, junto al intercambiador de Sierra de Guadalupe, tras atravesar el campus de la Universidad Politécnica de Madrid". En su inicio, la línea E coincide con las líneas 54, 58, 103, 130, 142, 143, H1 y T31 de la EMT; la línea 1 de Metro y las líneas C2 y C7 de Cercanías Renfe.
La línea universitaria E de la Empresa Municipal de Transportes de Madrid nació el cinco de Febrero de 1976 como ramal de la línea 63 con la denominación 263 (aunque de cara al usuario era la 63 con barra roja) "Avenida Felipe II - Complejo Politécnico". Un mes después, en Marzo de 1976, se convierte en línea universitaria propiamente dicha con la denominación J "Avenida Felipe II - Complejo Politécnico" y el mismo itinerario que su predecesora. En el año 1991, pasó a denominarse con la letra E manteniendo el recorrido entre Felipe II y el Politécnico. En Noviembre de 1993, estableció su cabecera en Pacífico y en 1995 pasó definitivamente a su actual terminal en la plaza Conde de Casal.
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