El Plan está financiado por la Junta de Andalucía y el Gobierno de España, que aportarán 8.134 y 21.907 millones de euros, respectivamente. La mayor parte de la dotación económica se destinará a la mejora de las redes ferroviarias (15.000 millones de euros) y de carreteras y autovías (10.000 millones). El resto se repartirá entre puertos, aeropuertos, áreas logísticas y estaciones de autobuses.
Los objetivos básicos de este esfuerzo inversor son contribuir a la lucha contra el cambio climático, fomentar la eficiencia económica y energética del transporte, mejorar la calidad de vida y la competitividad, e impulsar la cohesión territorial de Andalucía y su conexión con los ámbitos estatal y europeo. Para ello, el PISTA establece seis bloques de proyectos: transporte de mercancías y áreas logísticas, red ferroviaria, red viaria, aeropuertos, transporte metropolitano y sistema portuario.
En cuanto al transporte de mercancías, el plan recoge proyectos para desarrollar la Red de Áreas Logísticas -formada por los nodos portuarios de Bahía de Algeciras, Huelva, Bahía de Cádiz, Málaga, Sevilla, Almería y Motril, y por los nodos interiores de Jaén, Córdoba, Granada y Área Central de Andalucía- mediante la construcción y ampliación de centros de transporte y zonas de actividades logísticas de interés autonómico.