Este dinero servirá para fomentar la integración de las islas con la Península y entre las islas, mejorar las infraestructuras y flotas de transporte, y costear servicios públicos de transporte de carácter deficitario.
Las subvenciones programadas se repartirán de la siguiente manera: Renfe recibirá 490,87 millones de euros, un 16,04% menos, (más una aportación patrimonial de 195 millones de euros); Feve recibirá 88,25 millones de euros, Transporte Metropolitano de Valencia 38,05 millones, el de Barcelona 166,45 millones y el Madrid 187,44 millones de euros.
En el presupuesto también está incluida una partida de 126,26 millones de euros destinada a compensar a las sociedades concesionarias de autopistas por la reducción de peajes aprobada por ley en 1999.